1、內因
(1)消化系統不成熟：嬰幼兒消化系統發育不成熟，酶的活性較差，但營養需要相對又高，腸道負擔重。如果餵養不當，過多地加喂澱粉類、脂肪類食物，導致成分改變，或者一次進食過多等，都可引起消化功能的紊亂，導致腹瀉。
(2)免疫功能不成熟：嬰幼兒時期的神經系統、內分泌系統、循環系統以及肝、腎功能都還沒成熟，調節機能較差，免疫功能也不夠成熟，當有病原菌隨受汙染的食物進入體內後，易造成腹瀉。
小於6個月的寶寶，由於體內還留有媽媽的抗體保護，不易患秋季腹瀉，母乳餵養的寶寶，患秋季腹瀉的機率更低。3歲以上的兒童，由於消化道功能和免疫系統逐步完善成熟，也很少患秋季腹瀉，即使患病，病情也會輕很多，病程短。
2、外因
(1)輪狀病毒感染：主要由於輪狀病毒感染。傳染源來自患者、隱性感染者及帶病毒者。急性期患兒糞便中含有大量病毒，病後第3-4天排病毒量最多。輪狀病毒傳染性強，可通過密切接觸途徑傳播或流行，也可通過呼吸道傳播。
(2)溫差大：秋季氣溫變化大，忽冷忽熱。氣候變化引起感冒、腹部受涼以及各種感染也可導致腹瀉。
(3)其他疾病因素：嬰兒感冒，或者有肺炎、腦膜炎、敗血症等疾病時，也會引起消化道功能紊亂，表現為腹瀉症狀。
