1、腸道內感染
可由病毒、細菌、真菌、寄生蟲引起，以前兩者多見，尤其是病毒。
a、病毒感染寒冷季節的小兒腹瀉80%由病毒感染引起。病毒性腸炎主要病原為輪狀病毒，其次有諾如病毒、星狀病毒、科薩奇病毒、埃可病毒、冠狀病毒等。
b、細菌感染①致腹瀉大腸桿菌包括：致病性大腸桿菌，產毒性大腸桿菌，侵襲性大腸桿菌，出血性大腸桿菌及粘附-聚集性大腸桿菌。②彎曲菌與腸炎有關的彎曲菌屬有空腸型、結腸型和胎兒型3種，95%～99%彎曲菌腸炎是由胎兒彎曲菌及空腸彎曲菌引起的。③其他包括耶爾森菌，沙門菌(主要為鼠傷寒和其他非傷寒、副傷寒沙門菌)、嗜水氣單胞菌、難辨梭狀芽胞桿菌、金黃色葡萄球菌、綠膿桿菌、變形桿菌等。
c、真菌致腹瀉的真菌有念珠菌、麴菌、毛黴菌等。嬰兒以白色念珠菌多見。
d、寄生蟲常見為藍氏賈第鞭毛蟲、阿米巴原蟲和隱孢子蟲等。
2、腸道外感染
有時引起消化功能紊亂，亦可產生腹瀉症狀，即症狀性腹瀉。年齡越小越多見。腹瀉不嚴重，大便性狀改變輕微，為稀糊便，含少許黏液，無大量水分及膿血，大便次數略增多，常見於上呼吸道感染、支氣管肺炎、中耳炎等，隨著原發病的好轉腹瀉症狀漸消失。
使用抗生素引起的腹瀉：常表現為慢性、遷延性腹瀉。由於長期使用廣譜抗生素，一方面使腸道有害菌，耐藥金葡菌、難辨梭狀芽胞桿菌、綠膿桿菌等大量繁殖，另一方面使雙歧桿菌等有益菌減少，微生態失衡而出現腹瀉，大便的性狀與細菌侵襲的部位有關，病情可輕可重
