1、常見的低血鈣、低血糖、低血鎂、維生素b6缺乏，甲狀腺功能低下等營養代謝障礙及內分泌疾病也是引起小兒癲癇病因。此外，外傷和高熱驚厥後腦損傷同樣也能夠導致小兒癲癇的發病。
2、這類患者往往有先天腦發育畸形的情況。如果沒有先天性腦發育畸形的話，那麼就是灰質異位症。此外患者可能還會有神經皮膚綜合症。神經皮膚綜合症中最常見的就是結節性硬化，神經纖維瘤病和腦三叉血管瘤病等。
3、遺傳代謝病。如果患者過度依賴苯丙酮尿症、高氨血癥、腦脂質沉積症、維生素b6等，就很有可能會得癲癇。另外，還有一種特殊的圍產期腦損傷所造成的小兒癲癇。比如主要是產傷、窒息、顱內出血、缺氧、缺血性腦病等所造成的。
4、像細菌性腦膜炎、腦膿腫、病毒性腦炎、黴菌性腦膜炎、腦寄生蟲病、接種後腦炎、傳染後腦炎等所造成的顱內感染也會間接的引起小兒癲癇的發生。此外，腦血管疾病也可能會導致小兒癲癇的發病。
