新生兒患感染性腹瀉時是許多病原菌引起的如細菌、病毒及真菌引起，胎兒分娩時通過母親的陰道，細菌可以通過陰道進入胎兒口內引起感染。汙染的奶水、奶頭以及餵奶的瓶子等。家中衛生條件很好，但是母親及護理小孩的阿姨不注意清潔衛生成了帶菌者。有些新生兒患了重病，例如新生兒敗血症，肺炎等也可以通過血流到達腸道，甚至感冒也能把病毒進入腸道內引起腹瀉。不同的細菌和病毒引起的腹瀉症狀也不一樣;輕症的病人表現單純的胃腸道的症狀，拉稀一日5一6次至10餘次，同時還出現低燒、食奶差、嘔吐、精神弱、輕度腹脹、哭鬧、唇乾、前囟門凹陷。嚴重時大便稀水樣，可增加達到10-20次/日。還伴有高燒嘔吐尿少，嗜睡，家長仔細觀察新生兒，出現手足涼，皮膚髮花，呼吸深長，口唇櫻紅色。在換尿布時發現小兒反應差，口鼻周圍發紺，唇乾，眼窩凹陷，出現這種情況，家長千萬不要大意，需要到醫院輸液搶救。
如果新生兒的大便次數多，黃色，有蛋花湯樣，常伴有血絲和粘液，雖然小兒未進食很多奶，但是有腥臭味，排便時哭鬧，煩躁不安，這類的腹瀉，大多數是一種致病性大腸桿菌引起的，是新生兒時期比較常見的腹瀉，需要加用消炎藥例如黃連素12毫克每日三次及用消化藥和口服補液鹽充水份。服4-5天痊癒。
在秋冬季節氣候變化多端，新生兒也和大孩子一樣容易患“秋季腹瀉”，是由一種在電子顯微鏡底下見到像輪狀的病毒引起的，表現發燒、嘔吐、咳嗽、流涕等感冒症狀，大便為水樣、稀薄、米湯樣、粘液少每次量多、無腥臭味，哭鬧、煩躁不安，治療比較困難，一般消炎藥無效，只有增強新生兒抵抗力，可以加用一些中藥，使用消化藥如表飛鳴每次一片每日三次，口服補液鹽沖水服一週左右就好了，嚴重時需到醫院治療。
有些腹瀉引起生命危險，需要及時治療。通常見到的是鼠傷寒沙門氏菌感染性腹瀉。大多是都是由於汙染食物引起的。早產兒，體重低的新生兒更多見。還可以病房，新生室流行，新生兒患了這種病以後是比較重的，而且死亡率高，家長髮現有這種病時要注意傳染性強，儘快地隔離，一般接觸3-4天后就發病，發高燒，大便呈黑綠色，粘稠，也有白色便，膠凍樣便，稀水樣便伴有明顯腥臭味，家長髮現有多樣化大便時，就要仔細觀察新生兒是否存在黃疸，腹脹。病初或輕型病人可以服用慶大黴素每次1萬單位，每日三次連服5-6天，但是如果有腹脹加重，黃疸有進展可能存在敗血症，此外，如果新生兒有尖叫，抽風，腦膜炎時，應該及時送到醫院搶救治療是可以治癒的。但遷延時間比較長有時可以長達6個月，由於患病的時間長，消化不良可以變為營養不良，尿布疹，鵝口瘡，尿道炎，肺炎，維生素缺乏，貧血等。
不同的病原菌引起的腹瀉治療不一樣，採取飲食和補充營養原則和大孩子拉稀一樣的。新生兒剛開始便稀時不能吃過多的奶水，如果母奶不足可添加稀釋牛奶(1份水1份奶)千萬不要操之過急，增加奶量過快。減輕胃腸負擔，適當口服一些淡鹽水，維生素C和已服用胃酶合劑和表飛鳴，幫助恢復消化機能，不同類型的腹瀉使用維生素不同，如可以用一些黃連素，痢特靈，多粘菌素等，如果是病毒引起的腹瀉，家長可不必給小兒消炎藥。如果經過一般治療以後大便不見好轉，水瀉達10餘次以上時應抱小兒去醫院診治。
