1)純淨水不但除掉了所有對人體有害的物質，同時，也除去了許多對人體健康十分重要的“人體必需微量元素”。這些元素人體需要量是極微量的，每天在正常飲食中就可以得到滿足。現在，從正常飲水中能獲得的這部分必需微量元素，由於喝純淨水而被除去。這就滿足不了人體正常需要。長久下去，對健康造成不可挽回的危害。這種危害是慢性的，覺察不到的，不可換回的，而且是危及後代的。 其中影響最大的是鋅、鎂、碘這3種元素。這幾種元素，雖然在水中含量極微小，它們本來在食物中就很缺乏，而今又把水中這一點微量元素除乾淨，這就成了雪上加霜。這3種元素都跟生殖發育和智力發育直接有關，缺乏時，影響神經系統的發育，甚至影響子孫後代。
2)在正常膳食中，有許多無機鹽都可以得到滿足，如自來水中，就有30種人體需要的無機鹽。現在，把水中的這部分除掉了，人體就補充不到無機鹽的需要量。日久後，將造成營養失衡，人的健康也會因此受到影響，嚴重的就將引發疾病。
3)純淨水並不純淨。純淨水的制配是很複雜的，它既然是高新技術成果，當然有很高的技術含量。並非誰都能生產的。這些離子交換器和膜過濾器需要經常進行技術處理和清洗，這叫離子交換器和膜過濾器的再生技術。但大多數的純水廠，都不掌握這種再生技術。結果，在交換器和過濾器中，富集了大量的細菌和汙物，用的時間越長，積累的細菌和汙物就越多，最後從這裡過濾出來的水，反而比自來水中細菌和汙物的含量要高得多。換句話說，這個過濾器已成了汙染源。所以，據有關檢測部門公佈數據來看，每年檢測純水的合格率都不高。很多不合格的“純水”在滿街銷售，而人們又把它當成純淨水飲用，危害比自來水要大得多(因為自來水，人人都知道需煮開再喝)。
4)純淨水進入人體後，因為它不含各種正負離子，所以溶解性能很強，這樣不僅可以把各種有害廢物和有害微量元素溶解，並排出體外。同時，也可以溶解人體非常需要的各種必需微量元素，而被排出體外。
5)純淨水的分子結構，經過淨水器處理後會發生重排現象，使純水分子的結構變為極度串聯和線團化。這種水分子，不易通過細胞膜，會導致身體內有益的生命相關元素向體外流失。有些敏感的人感覺越喝越渴，越渴越想喝。長期喝純淨水會感覺無力。這對正在長身體的青少年有比較突出的副作用。為此，上海市已明確規定，限制中小學生飲用純淨水。
