手足口病與口腔疾病，既有關聯，也有差異。5歲以下的嬰幼兒，其手足口病可首先表現為口腔症狀，到口腔科就診時，提示著兒童口腔科醫生，在接診“口腔皰疹潰瘍”的患兒時，一定要仔細檢查，做好鑑別診斷，不能因醫生的緣由，而誤診一名“手足口病”患兒。
手足口病在口腔上的臨床表現為：口腔黏膜疹出現較早，最開始為粟米樣斑丘疹或水皰，周圍有紅暈，主要位於舌及兩頰部，也常發生在唇齒側。繼水皰破潰後，即出現寶寶口腔潰瘍疼痛，常流口水，不能吃東西。
手足口病與以下兩種口腔疾病的區別：皰疹性口炎，一般無皮疹，四季皆可發病，散在為主。皰疹性咽頰炎，由病毒引起，病變在口腔後部如扁桃體、軟顎、懸雍垂，很少累及頰黏膜、舌、齦，病原學及血清血檢查可確診，一般無皮疹。
