人體中，軟骨素構成關節軟組織。這種柔韌組織保護關節，幫助更輕鬆移動。對於骨關節炎患者來說，他們關節中的軟骨素會因為受損而導致疼痛和腫脹。而一些研究已證實硫痠軟骨素營養補充劑能夠減少這種不適。
一些研究發現硫痠軟骨素存在一定副作用，但相對比較溫和。例如，在大劑量攝入後可以引起噁心或胃痛。這些症狀通常在停止使用營養品後就可以消失。此外，比較少見的硫痠軟骨素副作用還包括腹瀉，便秘，皮疹，頭痛和脫髮儘管大部分人不會出現上述負面影響，但醫生仍然建議一些人避免使用硫痠軟骨素。例如，曾經有過前列腺癌歷史的人。因為一些研究發現某些前列腺癌患者的前列腺內軟骨素水平增加。也正是基於這一原因，一些專家擔心軟骨素會促進癌變。
另一些醫務人員反對服用血液稀釋藥物的人使用這種營養補充劑。軟骨素也有稀釋血液的作用，因此它們相混合容易導致出血風險。此外，孕婦和哺乳女性也不適合消費這類補充劑，因為至今還沒有明確的研究結果證實它不會帶來負面影響。
許多硫痠軟骨素配方還包含氨基葡萄糖硫酸鹽和一些錳。氨基葡萄糖和錳都涉及關節形成，因此與軟骨素一樣對緩解關節炎疼痛有好處。由於涉及多種成分，氨基葡萄糖和錳導致的副作用容易與硫痠軟骨素的負面影響相混淆。如胃灼熱，腹脹，高血壓和高血糖等。如果有這種情況發生，可以僅服用包含硫痠軟骨素的營養補充劑加以改善。
