新生兒腸道嬌嫩，引起腹瀉的原因也多種多樣。
1. 餵養不當
新生兒胃腸道的發育不夠成熟，消化酶比較少。在餵養過程中，餵養次數太多、每次的量較大，或過早添加大量澱粉類的食品，人工餵養時配方奶或牛奶的溫度偏熱或偏冷，都可造成腸道蠕動增加，大便次數增多。
2. 感染
●腸道內感染主要發生在人工餵養或混合餵養的新生兒，由於奶具不潔而導致病從口入。最嚴重的要算新生兒流行性腹瀉了，常常在產科嬰兒室或新生兒病室內流行，病菌經過母親產道傳給新生兒，然後由醫護人員的手將病菌擴散開去。可由不同病原引起，以致病性大腸桿菌和輪狀病毒最常見，嚴重者常常威脅生命。
●腸道外感染主要是由於病原體毒素的影響或神經系統發育不健全，致使消化系統功能紊亂，腸蠕動增加而引起腹瀉。這種腹瀉一般無黏液、膿血和腥臭，次數較少。在新生兒患肺炎和敗血症時，細菌有時也可從腸道外或血液中透過腸壁，滲入到腸道內，引起腸炎。
●細菌和病毒的感染主要是餵養時母親的乳頭或內衣不衛生，手洗得不乾淨或配方奶、牛奶餵養時所用器皿不乾淨，將細菌或病毒帶給新生兒引起腹瀉。有時家中有感冒病人，也會將病毒傳染給新生兒引起腸炎。有的新生兒患呼吸道疾病如肺炎，也會因抵抗性減弱或者毒素作用於腸道，而引起新生兒腹瀉。
3. 新生兒的消化功能不成熟
足月兒的消化酶除胰澱粉酶外已足夠消化蛋白質和脂肪，而早產兒各種消化酶均不足，膽酸分泌較少，不能將脂肪乳化。同時新生兒發育又比較快，所需熱量和營養物質多，一旦餵養或護理不當，過早地餵養奶糕、米粉等食物，就可引起消化不良，發生腹瀉。
