引起頭痛的病因眾多，大致可分為原發性和繼發性兩類。前者不能歸因於某一確切病因，也可稱為特發性頭痛，常見的如偏頭痛、緊張型頭痛;後者病因可涉及各種顱內病變如腦血管疾病、顱內感染、顱腦外傷，全身性疾病如發熱、內環境紊亂以及濫用精神活性藥物等。具體如下：
一、顱腦病變(35%)：
(1)感染腦膜炎：腦膜腦炎，腦炎，腦膿腫等。
(2)血管病變：蛛網膜下隙出血，腦出血，腦血栓形成，腦栓塞，高血壓腦病，腦供血不足，腦血管畸形，血栓閉塞性脈管炎等。
(3)佔位性病變：腫瘤，顱內轉移癌，顱內白血病浸潤，顱內豬囊尾蚴病(囊蟲病)或棘球蚴病(包蟲病)等。
(4)顱腦外傷：如腦震盪，腦挫傷，硬膜下血腫，顱內血腫，腦外傷後遺症。
(5)其他：如偏頭痛，叢集性頭痛(組胺性頭痛)，頭痛型癲癇。
二、顱外病變(20%)：
(1)顱骨疾病：如顱底凹入症，顱骨腫瘤。
(2)頸椎病及其他頸部疾病。
(3)神經痛：如三叉神經，舌咽神經及枕神經痛。
(4)眼，耳，鼻和牙疾病所致的頭痛。
三、全身性疾病和神經官能症(15%)：
(1)急性感染：如流行性感冒，傷寒，肺炎等發熱性疾病。
(2)心血管疾病：如高血壓病，心力衰竭。
(3)中毒：如鉛，酒精，一氧化碳，有機磷，藥物(如顛茄，水楊酸類)等中毒。
(4)其他：尿毒症，低血糖，貧血，肺性腦病，系統性紅斑狼瘡，月經期及絕經期頭痛，中暑等。 神經衰弱及癔症性頭痛。
