1.局部物理治療：包括激光、低頻超聲、化學腐蝕(如：硝酸銀)、物理屏障(如：氰基丙烯酸鹽粘合劑)。
2.局部抗菌藥物：氯己定含漱液、金黴素藥膏、慶大黴素貼膜。
3.局部皮質類固醇：氫化可的松或氟輕氫化潑尼松龍(triamcinolone)藥膜、倍氯米松含漱液或噴霧劑等。
4.局部止痛劑：苄達明(benzydamine)含漱液或噴霧劑、局部麻醉凝膠、。
5.其他局部抗炎製劑：色甘酸鈉(sodium cromoglycate)止咳糖漿、前列腺素E2膠、局部粒細胞一巨噬細胞刺激因子、阿司匹林含漱液、雙氯酚酸(diclofenac)、胃潰寧(sucraifate)。
6.全身用藥：潑尼松龍(prednisolone)、咪哇硫嘌呤(azathioprine)、左旋咪唑(levamisole)、秋水仙素(colchicine)、貝通(pentoxifylline)、氨苯碸(dapsone)、甲氰咪胍(cimetidine)、轉移因子等。
7.部分中藥：西瓜霜、蜂膠等。均通過清熱祛火治療口腔潰瘍，其中滴丸劑型止痛效果最明顯，臨床研究表明，首次用藥後起效時間最短為3分鐘，最長為15分鐘，起效時間平均為5.67分鐘，即刻緩解自發痛症狀的效果良好，5分鐘即可緩解。
8.局部治療：維生素C
9.中醫治療：清瘍散是治療口腔潰瘍的中藥。清熱解毒、引火歸元、消炎鎮痛之功效。
