1、由胃腸功能或器質性疾病所致的消化不良，應請醫生論斷清楚，給予綜合性治療，不可自作主張，盲目服用消化藥。
2、如因過食肉、蛋、豆類等高蛋白食物引起消化不良或疾病後恢復期消化功能減退者，應選服胃蛋白酶片、胰酶片等功能幫助蛋白質消化吸收的藥物。
3、因吃米、面、紅薯等含澱粉較多的食物引起消化不良者，應選用多酶片、胖得生等含澱粉酶的藥物，促使澱粉儘快分解。
4、如因小兒貧血或腸內菌群失調引發發酵性消化不良、腸脹氣、腹瀉等，可選服乳酶生、稀鹽酸等控制腸內異常發酵的藥物。但應注意，使用乳酶生治療小兒消化不良性腹瀉時，不能與抗生素合用，也不能與鞣酸蛋白吸附劑合用。
5、中藥焦三仙、雞內金，成藥參苓白朮散、王氏保赤丸和小兒喜食沖劑等對兒童食積停滯、消化不良均有較好療效，可對症選用。
