寶寶扁桃體發炎，是一種相當常見的疾病，可能只是三至五天的發燒、喉嚨痛、食慾變差，很快地就康復了，但也可能會有少數病情較為複雜，懷疑是EB病毒或鏈球菌的感染，而出現全身性的併發症，所以仍然不可掉以輕心。最重要的原則是隨時觀察寶寶的食慾、活動力及發燒的情形，在經過適當診療後，如果病情並不如預期般逐漸恢復，也必須立即回診追蹤治療，以避免後遺症的產生。
扁桃體是個活躍的免疫器官，並含有各個發育階段的淋巴細胞及免疫細胞，能抑制和消滅自口鼻進入的致病菌和病毒。寶寶體質差就容易導致扁桃體發炎，補充益生菌增強寶寶機體的抵抗力，寶寶就不會老是扁桃體發炎了。比較保守的治療方式是細菌感染時要使用有效抗生素，比如青黴素，頭孢菌素類。每次發作時選用有效抗生素治療一週以上。病毒感染時用抗病毒製劑，如利巴韋林，干擾素。也可以採用手術治療，切除扁桃體。
大部分病毒感染所造成的扁桃腺炎是屬於自限性的，意思就是說，一個免疫功能正常的寶寶，只要注意適當補充水分、觀察食慾及活動力的變化情形，在喉嚨疼痛可以忍受的範圍內，儘量鼓勵以溫涼順口的食物(如布丁、豆花等)，並維持飲食的正常、作息規律，一般不需特別的治療，三至五天就可以康復。
有些扁桃體發炎則因為病原菌較強，或病童抵抗力較弱，醫師觀察懷疑是細菌(特別是鏈球菌))的感染時，可能會建議使用口服抗生素治療，但要注意療程一般約需十天，切勿太早自行停藥，而造成慢性反覆性發炎或其它嚴重的併發症(如：心臟、腎臟的損傷以及肺炎等)，同時也要配合醫師的指示返診追蹤。
