衣原體感染人體後，首先侵入柱狀上皮細胞並在細胞內生長繁殖，然後進入單核巨噬細胞系統的細胞內增殖。由於衣原體在細胞內繁殖，導致感染細胞死亡，同時尚能逃避宿主免疫防禦功能，得到間歇性保護。衣原體的致病機理是抑制被感染細胞代謝，溶解破壞細胞並導致溶解酶釋放，代謝產物的細胞毒作用，引起變態反應和自身免疫。
衣原體1957年開始把衣原體歸於細菌類，這一主張已獲得越來越多的微生物學家的支持。不能在人工培養基上生長，只能在寄主細胞內生長，能通過細胞濾器的微生物。因而長期以來被認為是病毒。但它又有細胞壁結構，借二分裂繁殖，含DNA和RNA二種核酸，胞漿內有核糖體，對磺胺和多種抗生素敏感，這些特性又類似細菌。按伯傑氏新的分類，衣原體屬立克次氏體綱衣原體科。衣原體屬Ⅰ為沙眼衣原體組衣原體，這組衣原體在寄主細胞漿內形成緻密型包涵體，其中含有豐富的糖原，碘染色陽性。對磺胺藥和環絲氨酸類藥物高度敏感。衣原體屬Ⅱ為鸚鵡熱衣原體組衣原體，這組衣原體在寄主細胞漿內的包涵體呈疏鬆型，不含糖原，碘染色陰性，對磺胺藥不敏感，對環絲氨酸類藥物低度敏感。
傳播途徑：因為不潔的性生活或者接觸攜帶衣原體患者如洗浴泡大池子，與支原體衣原體感染患者的衣物一塊洗、用等。獲得衣原體病毒的患者患者就是衣原體患者，所表現出的症狀就是衣原體感染症。
