可用四環素、紅黴素、複方磺胺甲基異唑、氨苄青黴素等全身治療。對眼部感染可用利福平、四環素、紅黴素眼藥水滴眼。
首選阿齊黴素250mg每日1次,連服7天,或用強力黴素100mg每日2次,連服7日。複方新諾明亦有效。
另外近年來新開發的對各領域的感染症廣泛使用的新藥喹諾酮類,在治療衣原體方面臨床效果較好,其中常用的藥物有氧氟沙星(OFIX),環丙沙星(CPFX),洛美沙星,利福平治療效果也較好。
中醫辯證治療,中醫裡面衣原體可看做是溼邪和毒邪和而為病,因此要解毒祛溼。另外衣原體感染後對身體的危害較大,所以建議及早治療為好,利尿消炎丸可以有效的殺死衣原體等細菌病毒等,同時不會產生毒副作用。