1.對糖的不耐受：寶寶對糖不耐受腹瀉最多見是雙糖酶缺乏或活力減低所致。原發性雙糖不耐受在出生後不久即有腹瀉，原因是缺少雙糖酶使大量糖不能吸收，在腸道內形成滲透壓增高，使大量水分吸收到腸腔中，形成腹瀉。繼發性雙糖不耐受更多見，是由於胃腸炎後腸粘膜受損，致使雙糖酶缺乏。這種腹瀉可持續數月。
2.對牛奶過敏：牛奶是一種異性蛋白，其中一種乳球蛋白會損害小腸粘膜，是主要的過敏原。如小嬰兒對致敏的牛奶蛋白清除及處理功能較差，就會發生腹瀉和腹痛。此時不停牛奶，腹瀉就遷延不愈。
3.菌群失調：當寶寶患了嚴重的感染性疾病或手術後抵抗力明顯下降，若在此時應用大量廣譜抗菌素或皮質激素治療，使小兒免疫功能低下，對抗菌素敏感的腸道內正常細菌受到抑制，而不敏感的致病菌就會大量繁殖引起長久的腹瀉。
4.對麥類過敏：患兒對大麥、小麥和黑麥中麩質(麥粉中的蛋白質)的抗原部分過敏，引起局部腸道過敏反應。當脂肪進入小腸後不易被腸壁吸收，遂從糞便中排出，造成持久的脂肪瀉。
5.營養不良：容易使腹瀉遷延不愈，持久的腹瀉又促進營養不良，這樣互為因果，形成惡性循環。
6.人工餵養：人工餵養兒免疫力低，失去母乳內保護因子，加之牛奶易受汙染，如患腹瀉易遷延不愈。
