一、異物損傷：最為常見的病因是直腸內異物損傷。未消化的骨片、木片或其它帶有銳利角的各種異物可直接損傷直腸粘膜而發生直腸炎。此外，發生嚴重便秘時的堅硬糞便塊，可引起直腸炎。
二、中毒和感染症：發生滅鼠藥或重金屬(汞、砷等)中毒或者發生以胃腸炎為主要特徵的傳染病時，常常繼發直腸炎。不過此時，與直腸相比，其它胃腸管的病理變化更加嚴重，而且，大多數病例由此病因而表現臨床症狀。
三、良性腫瘤惡變：這種疾病也是直腸炎發病原因之一，一般直腸家族性息肉病、直腸腺瘤、乳頭狀瘤等，在一定條件下，也可導致惡性病變。
四、飲食因素：高脂肪、高蛋白、低纖維素的飲食與直腸炎發病有關。這是因為高脂肪食物可使膽汁分泌增多，促進腸道細菌生長，而膽醇、膽鹽在厭氧菌作用下，形成不飽和膽固醇，如脫氧膽酸和石膽酸增加，這二種致炎物數量增加，促進直腸炎發病。
五、慢性炎症刺激：長期的慢性炎症可能是引起肛門直腸炎的要素。如慢性細菌感染、阿米巴痢疾、慢性非特異性結腸炎、憩室炎等，使得粘膜發生肉芽腫、炎性變和假息肉階段而發生炎變。
六、良性腫瘤惡變：直腸家族性息肉病、直腸腺瘤、乳頭狀瘤等，在一定條件下，也可導致惡性病變。
七、性病所致：不潔性交，使肛門部患了尖銳溼疣或乳頭狀纖維瘤，長期摩擦刺激，可引起炎變。
八、家族遺傳因素：基因改變的傳遞可表現於家族性。
九、免疫功能異常：人體免疫功能異常，如細胞免疫機能抑制在患者中普遍存在，隨著細胞免疫反應性的降低，炎的發生率就增高，細胞免疫功能的抑制是炎發生發展的一個主要因素。
十、痔瘡、肛瘻、肛裂、化膿性汗腺炎、毛囊炎等長期刺激肛門皮膚，也可引起炎變。
十一、血吸蟲患者的大腸粘膜長期受沉積蟲卵刺激，產生壞死、脫落，甚至形成潰瘍，然後在上皮再生和增生的基礎上發生息肉，從而導致炎變。
同時，食物纖維攝入過少，使腸蠕動變慢，糞便及其他廢物在腸道滯留過久，刺激腸粘膜，致使直腸炎發生。
