1、用量過大板藍根毒性極小，極少數人服用常規量會有輕度消化道症狀。曾經有一個報道說的是一腮腺炎患兒同時用板藍根注射液、板藍根煎劑和含片，6天，引起上消化道出血現象。
2、過敏反應絕大多數為板藍根注射液所引起的，表現為頭昏眼花、氣短、嘔吐、心慌、皮疹，有時為全身多形紅斑型藥疹，嚴重者血壓下降而出現過敏性休克。曾有報道：一患者因流行性感冒服用板藍根沖劑後10分鐘出現頭昏，眼花胸悶，氣短，嘔吐等症狀，而後出現面唇青紫，全身皮膚潮紅，瘙癢，經臥床休息2天后症狀緩解。第2天再次服用板藍根沖劑後上述症狀再次出現，並出現面色蒼白，全身出現多形紅斑疹，被診斷為板藍根沖劑引起的急性過敏。
3、板藍根屬寒涼之品，雖無中毒的報道，但也不可濫用，健康人，特別是老年人、脾胃虛寒的人不宜長期單味服用板藍根，以免傷及脾胃甚至引發其它疾病。在服用的過程中，如出現不明原因的身體不適或其他反應，應及時查明原因，給予治療。
4、板藍根主治溫毒所致的疾病，如流感、上呼吸道炎症、流腦、腮腺炎、急性腸炎、菌痢、肝炎、顏面丹毒、熱病發斑等。雖然藥理研究表明，板藍根對多種病毒與病菌有明顯的抑制作用，但不要忘記它是一味苦寒藥物。所以，對於上述疾病，只有出現溫熱、熱毒、溼熱內盛證候時，才能使用。
5、體質素虛，經常感冒者、慢性胃腸炎患者、低血壓、精神不振者、過敏體質者、患血液系統疾病者要慎用板藍根，其他如患有胃下垂、消化性潰瘍、甲狀腺機能減退、心律失常等疾病，也要慎用。
