1、桿菌痢疾 嬰兒痢疾表現多不典型，常無膿血便，臨床呈一般腹瀉的表現，較難鑑別，應注意流行情況，常能問出接觸史，排便前常哭鬧，顯示裡急後重，仔細觀察可見患兒大便頻繁，但每次量不多，有時可見水樣便糞質中混有膿血，鏡下有較多膿細胞，紅細胞和吞噬細胞，而大腸桿菌腸炎每次便量多，一部分每次可達20ml以上，大便中粘液常見，但極少稠膿，偶有少數白細胞與紅細胞，應培養鑑別。
2、嬰兒出血性腸炎 起病與大腸桿菌腸炎無異，但治療後腹瀉不止且病情加重，腹脹較重，高熱，頻繁嘔吐，重者吐咖啡樣物，大便早期呈水樣，潛血試驗陰性，以後出現典型的暗紅色果醬樣大便，脫水重，可早期出現休克，中毒症狀重者可昏迷，驚厥。
3、“生理性腹瀉” 滲出性體質小兒可生後不久即開始排黃綠色稀便，大便次數多，但不吐，食慾好，體重增加正常，到添加輔食後，大便自然恢復正常。
