病毒性腦膜炎病程呈良性，多在2周以內，一般不超過3周，有自限性，預後較好，多無併發症,不留後遺症。
極少數危重的可有後遺症,多數是可以恢復的,預後還和病毒的分類有關係:病毒性腦炎的預後與病變的範圍和病情的輕重有關。腦部病變較侷限且未侵犯"生命中樞"，病情較輕時，其預後往往良好。如昏迷持續時間較長，或有頻繁驚厥時，腦部缺氧及病理變化加重，預後多較差，容易留有神經、精神的後遺症。某些病毒所致的腦炎預後較差，如西方馬腦炎患兒常有後遺症，年齡愈小愈嚴重。5歲以下的東方馬腦炎患兒多有後遺症，表現為精神遲鈍、抽搐及癱瘓。麻疹腦炎和亞急性硬化性全腦炎患者的病死率均較高，單純皰疹病毒腦炎患兒的病死率可達30%以上，約半數的存活者中有後遺症。胎兒經胎盤感染單純皰疹病毒後可發生小腦畸形，積水性無腦畸形。鉅細胞包涵體病毒和風疹病毒的先天性感染侵犯多種臟器，當侵犯腦組積時，其預後都比後天性腦炎為差。先天性鉅細胞包涵體病毒所致的中樞神經系統感染，可引起大腦性癱瘓、小腦畸形、智力遲鈍、運動障礙，偶見腦積水。先天性風疹腦炎患兒可發生小腦畸形、耳聾、甚至進行性精神及運動障礙。狂犬病毒腦炎的病死率最高，幾乎為100%。淋巴細胞性脈絡叢腦膜炎、傳染性單核細胞增多症併發腦炎、埃可病毒腦炎、柯薩奇病毒腦炎、腮腺炎病毒腦炎患者的預後多較好，大多數患者能逐漸痊癒。某些埃可病毒腦炎及柯薩奇病毒腦炎患兒可出現肢體癱瘓，但很少留下後遺症，極少數腮腺炎腦炎患兒可有偏癱，甚至出現腦疝而死亡。
對遺留的後遺症可採用針灸、推拿、藥物及訓練等方法治療。
