（1）兒童骶骨彎曲尚未形成，兩側坐骨結節的距離較近，加之肛門內括約肌的張力較弱，故糞便易直接壓迫肛管齒狀線處，肛竇粘膜擦傷，易使細菌侵入發病；女孩因直腸在子宮前方，壓迫直腸，與成人直腸彎曲相似。因此，發病率比男孩低。
（2）兒童常因尿布皮炎，刺激肛門周圍皮膚，造成毛囊、汗腺、皮脂腺的感染，形成肛周皮下膿腫和肛竇，成為肛瘻。
（3）新生兒，尤其是男孩，由於母體激素分泌失調，引起皮脂腺分泌旺盛，造成肛門皮脂溢出。感染後形成肛周皮下膿腫，與肛竇相通，導致肛瘻。
（4）近年來，有人認為新生兒在生理上缺乏免疫球蛋白G（IgG）和免疫球蛋白A（IgA），免疫功能低下，因此容易發生肛門感染，形成肛瘻。
