症狀類似慢性扁桃體炎。若結石周圍有化膿感染，可有咽痛不適與反射性耳痛;重者感吞嚥困難，言語含糊不清，口涎增多，張口受限等。
有感染時，常自覺口臭。有時結石可自扁桃體上陷窩或舌顎弓處破出。
扁桃體結石通常體積較小，多嵌在扁桃體上隱窩內，會使患者感到不適或疼痛。
結石的成分中含有大量的磺胺類物質同時攜帶大量細菌，當結石破碎時會散發出類似臭雞蛋氣味的硫化物氣體，與結石帶來的不適相比，這種氣味造成的問題顯得更為嚴重，因為他會使患者產生令人尷尬的慢性口臭。
因為結石多陷入扁桃腺隱窩處，扁桃體結石患者常常感到咽喉部有異物感。
有的患者會試圖藉助棉籤或手指將結石掏出，但這種行為可能會損傷軟組織扁桃腺，並使結石破裂，發出臭味。
口腔科疾病專家指出：得了扁桃體結石之後，最明顯的特徵就是患者容易形成口臭，病情嚴重的話，患者的進食、說話等都會帶來一定的影響。所以，如果不幸被扁桃體結石這種疾病糾纏的話，還是需要積極進行治療的，以免病情惡化越來越嚴重，給後期診治帶來更大的阻礙。
