本病的潛伏期是2～3周，接觸傳染性軟疣的患者，經過一定的潛伏期後即可發病。以性傳播者發病初起多侷限於會陰、小腹、肛門、腹股溝、乳房等處，然後全身播散。損害數目多少不等，散在不融合處。 軟疣的數目少則3～5個，多則數十個，散在分佈而不融合、微癢，通過搔抓可自身播種，即沿著搔抓處及周圍產生更多新的軟疣。在免疫功能低下，或使用了免疫抑制劑以及皮質激素時，皮疹可泛發。
皮損為米粒至豌豆大小的半球形丘疹，中心微凹，表面有蠟樣光澤，呈淡紅、灰白、珍珠色或正常皮色。
在軟疣頂端中央挑破後可擠出白色乳酪樣物質，此稱為“軟疣小體”，這是本病的特徵性損害。
少數患者其損害偶爾可角化，而像小的皮角，此稱為“角化性傳染性軟疣”。損害有時可長大到10～15mm，此種巨大的損害多為單發，常常繼發細菌感染髮生炎症反應。
一般經過6～9個月即可消退，但也可持續3～4年，甚至個別皮損可持續5年以上。病程與數目無關，愈後不留疤痕。
有的病人在發病幾個月以後，在某些皮損四周出現斑片狀溼疹樣損害。若眼瞼或其附近有皮損時，可引起慢性結膜炎，軟疣消退後，此種溼疹或結膜炎可自然消退。 自覺輕度瘙癢，可由於搔抓等原因引起繼發感染，出現膿皰瘡樣損害，甚至引起更嚴重的疾病如腎炎等。
