局部治療：
(1)在無菌條件下，挑破傳染性軟疣的頂端，可見到乳酪樣的軟疣小體，然後用鑷子輕輕擠出。或直接用小鑷子夾住疣體將其拔出，而後塗2%-2.5%碘酊，壓迫止血即可。數目多者，皮損消毒後，將軟疣刺破，塗以5%-10%碘酊，每日1次，可在7天內乾涸脫落。
(2)酞丁安霜具有抗病毒的作用，以之塗於疣體表面，每日2～3次，連用3周。如療程結束後軟疣仍不能消除，要刮除或拔出。
(3)1%的5-氟尿嘧啶溶液外用，每日2～3次，連用2周。用時以棉籤蘸藥液少許，直接點於疣體的頂端。
(4)0.1%的維生素A酸溶液外用，每日2次，連用2周。要注意保護周圍皮膚。
(5)70%苯酚酒精局部外用，用吸有藥液的小針管，對準皮損逐個點藥，點於疣體中央。一般一個疣體點2次即可，10天后皮損可自行脫落。
(6)液氮冷凍，用冷凍器將液氮噴於疣體表面，解熔3次即可。一般1周後疣體脫落。
(7)滅菌竹籤蘸少許濃來蘇水直接點塗軟疣表面。較大皮疹，夾出軟疣小體再行治療。10天后復點一次。
(8)99%冰乙酸15ml加入20g食用麵粉中，拌勻成糊狀，外塗於疣體。
(9)電灼法。
一般不需全身用藥。數目多的宜分批治療或加用抗病毒的口服或注射劑，外搽阿昔洛韋膏、干擾素、疣必治等也有一定療效。若皮疹過多可採用以下辦法：
1、抗病毒：①病毒唑0.2，日2次肌注;②聚肌胞2mg，隔日1次肌注;③病毒靈0.2，甲氰咪胍0.2，口服每日3次。
2、促進免疫：左旋咪唑50mg，1日3次口服，連用3天，間歇11天。
最近，英國雜誌上介紹用10%的氫氧化鉀溶液搽軟疣，32例兒童患者在搽藥30天后軟疣消退，認為這是一種安全、有效、價廉及非侵入性的替代療法。如果病人的免疫力低下或皮疹泛發，還需使用促使免疫功能增強的藥物。
