1)扁平疣的預防需注意衛生器具要經常消毒，定人定物，防止交叉感染。
2)身體抵抗力低下者，需加強鍛練，提高身體素質，增強抗病能力。
3)普及衛生宣傳，養成良好的衛生習慣，避免使用患者物品用具，防止間接傳染。
4)注意防護，避免外傷及皮膚破損，對皮膚粘膜破損處應妥善處理，防止病毒乘虛而入。
5)已發生扁平疣者，不宜搔抓，應及時到專科醫院接受治療，以免自身接種傳播。
扁平疣的危害有很多，最主要的有：癌變。現代醫學研究證實，凡由“人類乳頭瘤病毒”感染而導致的疾病均可導致癌變，其中，以“疣狀表皮發育不良”癌變率最高，“尖銳溼疣”次之，“扁平疣”癌變率排第三。
