牙周炎的治療應分一定階段進行。
1、第一階段應該是基本的牙周治療。這適用於每個患有牙周病的病人。對於出現急性牙齦膿腫、急性牙周膿腫、急性壞死性牙齦炎等急症的患者，應根據情況進行治療。拔除無望保留的牙齒，以在較長的時間內保持牙周健康。進行洗牙、潔牙和根管治療，以清除齦上和齦下的菌斑、牙石和壞死的牙骨。必要時，對鬆動的牙齒進行臨時固定、粘接和藥物輔助治療。這一階段的任務是消除局部致病因素，提高病人的認識。因此，對患者進行口腔衛生指導，糾正他們的不良習慣很重要。應讓病人瞭解牙周炎的原因和建立良好口腔衛生習慣的重要性。應教給病人清除牙菌斑的方法，如正確的刷牙方法和正確使用清除牙菌斑的工具，如牙線、牙籤和間隙刷。基本治療後應重新評估療效。
2.手術治療
基本治療後2-3個月，要重新評估牙周狀況。如果探診深度仍超過5毫米，部分牙位探診出血，或根分叉病變為I-II度，或牙齦和牙槽骨形態不佳，則需要手術治療。牙周手術不僅可以在直視下進行徹底的根面平整和清除感染組織，還可以糾正不良的牙齦外形、不良的牙槽骨形態、根分叉病變，並可進行牙周組織的再生治療。
牙周炎的修復和正畸治療是基於基本的牙周治療，以改善患牙的鬆動、位移和咀嚼無力等症狀。這一階段的治療必須在牙周炎症得到控制的情況下進行，通常在治療後3個月（手術後）進行。其根本目的是分散內聚力，消除創傷，建立和諧的內聚關係，建立穩定的平衡內聚力；固定鬆動的牙齒，修復缺損的牙齒，控制病理性鬆動移位，促進牙周病變組織的癒合，恢復咀嚼功能。
