尿道疼痛患者若有尿路刺激徵，經常規抗菌治療無效，且除外有複雜因素存在時，應考慮為支原體、衣原體或病毒感染，可首先使用四環素治療。
對四環素若有耐藥性，則可改用紅黴素、甲基紅黴素或羅紅黴素等。以上藥物對支原體、衣原體有效。若經上述治療仍無效，則可能為急性尿道綜合徵。
急性尿道疼痛在男性病人中的主要症狀是有較多尿道分泌物，開始為粘液性，逐漸變為膿性，在女病人中尿道分泌物少見。無論男女，排尿時尿道均有燒灼痛、尿頻和尿急，重者可發生尿道痙攣。
尿液檢查有膿細胞和紅細胞。慢性尿道炎尿道分泌物逐漸減少，或者僅在清晨第一次排尿時，可見在尿道口附有少量漿液性分泌物。排尿刺激症狀已不像急性期顯著，部分患者可無症狀。
尿道炎可直接蔓延到膀胱或前列腺而引起膀胱炎或前列腺炎。急性尿道炎若處理不當，可併發尿道旁膿腫，膿腫可穿破陰莖皮膚成為尿道瘻。在尿道炎症癒合過程中，纖維化則可引起尿道狹窄。
