子宮內膜薄的原因分為全身因素和局部因素，全身因素有內分泌失調，如雌激素水平偏低、孕激素不足、排卵障礙和生長激素缺乏等;局部因素主要是子宮內膜損傷、粘連和缺如等。子宮內膜薄的具體原因如下：
1、內分泌嚴重失調
子宮內膜是指構成哺乳類子宮內壁的一層，對雌激素和孕激素都起反應，可隨月經週期發生顯著變化。雌激素可引起子宮肥大，孕激素可促使子宮內膜發生特殊的妊娠初期變化，或改變子宮內膜的性質，使之具有產生蛻膜的能力。因此，若女性內分泌嚴重失調，就會導致體內激素失衡，使子宮內膜週期性變化紊亂，導致子宮內膜薄。
2、人工流產
子宮內膜的基底層是子宮內膜功能層脫落後再生的重要支持，但若女性曾多次藥流或人流施術過重，都容易使子宮內膜基底層受到損傷，再生功能下降或無法再生，造成子宮內膜過薄。
3、子宮發育畸形
子宮發育畸形也是子宮內膜薄的一個原因，但長期以來一直別人們忽略。臨床上，有的患者的子宮造影已經不是倒梨形了，甚至是細長條，這種因先天性畸形造成的子宮內膜薄一般臨床上很難治療。
