(1)肛乳頭瘤切除結紮術：側臥位，肛鏡下用彎鉗夾住乳頭瘤根部，沿血管鉗基部，剪開少許乳頭根部皮膚，乳頭瘤較小可以行單純結紮術，乳頭瘤較大基底較寬可用4號或7號絲線貫穿乳頭瘤根部，做“8”字結紮，剪去血管鉗上的乳頭瘤。術後每日熱水坐浴。
(2)冷凍療法：在肛內鏡下，顯露肛門乳頭瘤，將冷凍探頭對準瘤體表面，將其冷凍成一結晶球。術後每日局部常規用藥預防感染。瘤體因冷凍後組織變性，液化壞死脫落，最後組織修復，達到治癒目的。在治療中應控制冷凍的範圍，過大則損傷正常肛管組織，術後產生水腫和疼痛，過小則瘤體脫落不全，極易再生。
(3)電灼法：肛門部常規麻醉，在肛門鏡下暴露出肛乳頭瘤，用高頻電灼探頭按壓在瘤體根部，開通電源，將乳頭瘤徹底燒灼之。此法適合瘤體較小的患者，優點是操作方便，療效可靠，一次可治療幾個乳頭瘤。術後每日用痔瘡膏或痔瘡栓納入肛門內，七天可愈。
