1、禁忌細胞系學說。身體中出現突變淋巴細胞，並由於某種刺激而增殖活躍起來。由於這種突變淋巴細胞系抗原結構上的異常，使它將正常的自身組織認為異體，發生免疫反應而導致組織損傷。
2、隱蔽抗原學說。在胚胎的發育過程中，只有曾受淋巴網狀系統檢驗的組織才被識別為自身組織，受到保護。有些器官和組織，例如中樞神經系統、甲狀腺、晶體、精子等，在胚胎期沒有被免疫系統識別，因此不受保護，一旦因為感染、外傷等原因，這些組織的自身抗原釋放入血液或淋巴液，就可刺激產生自身抗體，造成組織損傷。
3、自身變異學說。正常組織受物理、化學或生物性刺激而發生變異，被免疫系統識別為非自身組織而受到排斥。
4、免疫清除功能障礙學說。由於免疫缺陷，不能有效地清除突變的淋巴細胞或抗原，導致自身免疫過程。
5、交叉反應抗體學說。由於機體的某些組織成分與外界抗原具有相似的抗原性，當機體清除外界抗原時，同時損傷了這些具有相似抗原性的自身組織。
此外，自身免疫病的發生還與年齡、性別、遺傳等多種因素有關，所以其機理可能是多方面的。
