雖然小兒癲癇病的病因很複雜，但隨著醫學技術的快速發展，大部分病因已被明確，總體而言，從病因上看，癲癇病可分為兩大類：
1.原發性癲癇
這種類型的癲癇佔癲癇患者總數的20%。
2.繼發性癲癇或症狀性癲癇
（1）先天性腦發育畸形，如無腦畸形、巨腦畸形、多小腦畸形、灰質異位症、腦穿通畸形、先天性腦積水、肼胝體發育不良、蛛網膜囊腫、小頭症、巨腦症等。發作在一歲以內，形式多樣，早期以嬰兒痙攣為主。
（2）神經皮膚綜合徵最常見的有結節性硬化症、神經纖維瘤病和腦三叉神經血管瘤病。
（3）遺傳代謝性疾病，如苯丙酮尿症、高氨血癥、腦脂質沉積症和維生素B6依賴症。
