病毒感染人體後，可潛伏在基底角朊細胞間，在表皮細胞層複製，HPV侵入細胞核，引起細胞迅速分裂，同時伴隨病毒顆粒的繁殖與播散，形成特徵性的乳頭瘤。晚期基因表達結構多肽，即出現結構蛋白裝配顆粒，病毒主要集中在顆粒層中的細胞核內，在表皮的顆粒層出現凹空細胞增多，組織學上正常的上皮細胞也有 HPV，治療後殘餘的DNA常可導致疾病的復發。
男性尖銳溼疣的臨床(初期、早期)症狀及特徵尖銳溼疣早期症狀 -- 潛伏期3周到8個月，平均3個月，多見於性活躍的青、中年男女，發病高峰年齡為20-25歲，病程平均在3-5個月的男女患者，在性接觸後不久即發病，而病程平均12個月的男性患者，其性接觸者可不發病。多數患者一般無症狀。損害大小及形狀不等。可僅為數個，亦可為多數針頭樣大的損害：在陰肛部可長成大的腫瘤樣物，有壓迫感;有惡臭味;有時小的溼疣可出現陰部痛癢不適，病人可出現尿血和排尿困難;直腸內尖銳溼疣可發生疼痛、便血，而直腸內大的溼疣則可引起裡急後重感。
男性患者好發於包皮繫帶、冠狀溝、包皮、尿道、陰莖、肛門周圍和陰囊。病初為淡紅或汙紅色粟狀大小贅生物，性質柔軟，頂端稍尖，逐漸長大或增多。可發展成乳頭狀或囊狀，基底稍寬或有帶，表面有顆粒。在肛門部常增大，狀如菜花，表面溼潤或有出血，在顆粒間常積存有膿液，散發惡臭氣味，搔抓後可繼發感染。位於溼度較低乾燥部位的生殖器疣，損害常小而呈扁平疣狀。位於溼熱溼潤部位的疣常表現為絲狀或乳頭瘤狀，易融合成大的團塊。有嚴重肝病的患者溼疣可增大。妊娠可使溼疣復發或生長加快。
亞臨床感染是指臨床上肉眼不能辨認的病變，但用3%-5%醋酸液局部外塗或溼敷5-10分鐘可在HPV感染區域發白，即所謂“醋酸白現象”。
