黴菌菌體均由分枝或不分枝的菌絲構成，許多菌絲交織在一起稱為菌絲體。 菌絲平均直徑為2～10A,比一般細菌和放線菌的菌絲大幾倍到幾十倍,與酵母菌相似。(黴菌的營養菌絲圖) 黴菌的菌落特徵：黴菌的菌落是由分枝狀菌絲組成。因菌絲較粗而長，形成的菌落較疏鬆，呈絨毛狀、棉絮狀或蜘蛛網狀，一般比細菌菌落大幾倍到幾十倍。菌落最初往往是淺色或白色，當菌落上長出各種顏色的孢子後，由於孢子有不同形狀、構造和色素，菌落表面常出現肉眼可見的不同的結構和色澤，如黃、綠、青、黑、橙、藍等各色。 有的黴菌由於產生的色素能擴散到培養基內，使培養基正面和反面顯示出不同顏色，故菌落特徵也是鑑定黴菌的主要依據之一。
黴菌的繁殖方式多樣，主要靠形成無性和有性孢子來繁殖。一般黴菌菌絲生長到一定階段，先進行無性繁殖，到後期，在同一菌絲體上產生有性繁殖結構，形成有性孢子。與人類生活和食品生產關係密切的黴菌有藻狀菌綱的根黴、毛黴、犁黴;子囊菌綱的紅曲黴;半知菌綱的麴黴和青黴等。 毛黴在食品工業中應用較多，如高大毛黴能產生了一羥基丁酮、脂肪酶。魯氏毛黴不僅用於釀造工業，還可用於做豆腐乳，總狀毛黴用於製造豆豉。有些毛黴還可以用於甾族化合物的轉化，生產草酸、乳酸、琥珀酸以及甘油。 根黴經常出現在澱粉質食品上，引起食品黴爛變質。它能把澱粉轉化為糖，因而是我國、朝鮮、東南亞一帶所應用的酒麴子或曲藥的主要糖化菌。我國各省的小藥曲、民間用的甜酒麴中主要菌種就是根黴 。
麴黴菌是發酵工業、醫藥工業、食品工業的重要菌種。我國就利用麴黴菌制醬，是民間用以釀酒、制醋曲的主要菌種。現代工業利用麴黴和產各種酶製劑(澱粉酶、蛋白酶、果膠酶等)、有機酸(檸檬酸、葡萄糖酸等)，農業上可用作糖化飼料。也有些麴黴菌能產生對人體有害的物質，如黃麴黴毒素。工業上常用的麴黴有黑麴黴 、米麴黴 和棲土麴黴。 紅曲黴菌用於製取紅曲，至今仍為優良的天然食品著色劑，如紅色豆腐乳就是典型產品。還有一種紫紅曲黴 ，能產生α-澱粉酶、麥芽糖酶等，用它水解澱粉，製造葡萄糖。近年來工業上用於生產糖化酶製劑。
