陰蒂的大小可能受遺傳及內分泌因素的影響，它的外表形象與鄰近組織的發育狀況相關。雖然陰蒂頭的皮膚、包皮及小陰唇可能因頻繁的性活動刺激而出現皺褶、增生和慢性充血，但陰蒂海綿體組織不會出現這種反應性增生。有人認為婦女手淫可導致陰蒂肥大。同樣,男人顧慮自己手淫導致陰莖萎縮或影響其正常生長均無科學依據。有些年輕女性常常擔心自己的外生殖器發育異常，喜歡在洗澡時與同齡人作比較，因此產生嚴重的心理負擔。
女性陰蒂的大小、形態和位置的個體差異很大。少數人因長期服用雌激素或體內雄激素分泌過多而造成異常肥大;個別陰蒂頭還分成兩半，只是在根部相連。少女的生殖器官異常並不罕見。如果染色體、特別是性染色體內基因的排列上發生異常，則有病態或畸形的出現。此外，在胚胎髮育過程中，受到內外環境的干擾影響，如母親患病，錯服藥物，X線照射，吸入有毒有害氣體或粉塵等，也可引起胚胎髮育畸變而出現畸形。當內分泌器官發生異常時，可以出現女性男性化。性腺是決定性別的主要器官，它們分泌的性激素在性別決定上起主要作用。另外，腎上腺皮質的網狀帶也會產生一些性激素，是與性別相反的性激素。
