陰蒂纖小而嬌嫩，平時多有陰蒂包皮遮蓋，其附近無潤滑液分泌，所以觸摸的手法不當造成疼痛並不奇怪;在性高潮之際或之後陰蒂頭將像陰莖龜頭那樣變得過分敏感，再觸摸它無疑會引起疼痛，上述兩種情況均屬於正常的生理現象，並非病理性改變。這裡所要討論的是病理性陰蒂疼痛。
感染引起的陰蒂疼痛最常見，如生殖器皰疹波及陰蒂附近時即可致痛;外陰陰道炎也是常見的導致陰蒂疼痛的病因，如淋菌性陰道炎、黴菌性陰道炎、滴蟲性陰道炎等涉及整個外陰時往往造成陰蒂疼痛。其他如前庭大腺膿腫、尖銳溼疣等均可反射性或連帶性引起性交時或撫摸時的陰蒂疼痛。
各種局部刺激是造成陰蒂疼痛的另一重要原因，如糖尿病常可引起外陰瘙癢，奇癢難忍，最後常伴有黴菌、滴蟲及其他繼發感染而使疼痛加重。其他全身性疾病如黃疸、白血病、貧血等也可伴有外陰瘙癢，仔細問診和檢查，不難發現原發疾病。股癬、疥瘡、陰蝨病、寄生蟲卵等也是外陰瘙癢的常見原因。常穿尼龍化纖內褲或牛仔健美褲的女性往往緊裹臀襠，造成透氣性極差，並導致外陰的理化因素的過度刺激造成外陰瘙癢。洗滌過度或過量使用香水等化妝品也是不良刺激，均可最終引起陰蒂疼痛。
神經炎有時也可影響到陰蒂，最常見於糖尿病所致的神經炎。使用小劑量酚噻嗪可能使症狀得到一定程度的緩解。
如果女性不習慣於清洗外陰，特別是不清洗陰蒂及其包皮的話，包皮內可積有陰蒂垢或小結石，就像砂子迷眼一樣造成性交時的異樣疼痛感，伴發陰蒂垢、陰蒂炎時，陰蒂充血水腫並突起，直接影響性生活的進行，這時病人應保持外陰的經常清潔，防止積垢的形成。如果因感染而形成陰蒂包皮的粘連時，將會造成長期持續的疼痛。
