睪丸萎縮的治療可使得病人康復，且能夠恢復生育能力，雙側睪丸萎縮可能會導致不育，此時可見生精上皮的嚴重損害。所以，單側睪丸受損害後仍然有生殖能力，若雙側受損害，則能造成少精子症或無精子症。由淋病菌感染的睪丸炎或附睪炎，能導致睪丸功能喪失和附睪部分梗阻或完全梗阻。
只要睪丸損傷不是“致命”的，只是部分傷害，即可以通過治療恢復正常的生育功能。對於睪丸已經完全喪失功能者，應該放棄治療，採取人工受精的辦法生育。不管哪種情況都應該及時的去醫院進行診治，因為這個是比較嚴重的疾病，醫生需要根據實際情況瞭解之後，才能有最佳的治療方案。
睪丸萎縮患者應及時到醫院查明病因。體檢時應注意有無睪丸或睪丸萎縮，及睪丸的質地是否變化，性腺功能低下繼發於腦垂體疾病者，睪丸大小可正常或稍小，這與腦垂體疾病的時間長短有關，血清PRL增高也表示腦垂體有問題，常伴有性腺功能低下。患陽痿的病人，血清睪丸酮並不一定都低。懷疑有腦垂體瘤者，需做顱腦X線攝片或CT斷層掃描片，以明確診斷。
為了查明睪丸萎縮的病因，從而能夠起到針對性治療。患者應當到醫院進行前列腺液、精液、血液檢查。此外對肝臟以及腎臟功能、甲狀腺功能應當重點檢查。還需要對血清睪丸酮進行測定。如果懷疑是陰莖方面原因導致睪丸萎縮，則可以針對陰莖收縮壓以及陰莖血流量進行檢查。
