生殖器皰疹和單純皰疹雖然都是由皰疹病毒感染引起的疾病，但它們並不屬於同一種類，生殖器皰疹是性傳播疾病的一種，而單純皰疹屬於病毒性皮膚病。具體區別如下：
生殖器皰疹與單純皰疹的區別有：
1、致病病毒不同
單純皰疹病毒分為I、II兩種類型，I型單純皰疹病毒(HSV-1)通過呼吸道、皮膚和粘膜密切接觸傳染，主要引起咽、口唇、眼及皮膚感染，此種感染臨床上稱為單純皰疹;II型單純皰疹病毒(HSV-2)則是生殖器皰疹的主要致病病毒，存在皮膚和粘膜損害的滲出液、精液、前列腺分泌液、宮頸、陰道分泌液中，主要通過性交傳染，引起原發性生殖器皰疹。
2、症狀表現不同
生殖器皰疹首先起於皮膚髮紅，繼而出現成群針尖大小水皰，幾天後變乾結痂，可有色素沉著。而單純性皰疹起病時先局部充血，隨即產生圓形水皰，破裂呈淺表潰瘍，然後產生黃白色結痂脫落，持續潰瘍一週左右。症狀上仔細辨別，可以看出兩者的明顯不同。
3、症狀發生部位不同
單純性皰疹又稱熱性水皰，可以再全身出現，但最易發生於牙齦、口腔內側、嘴舌外側、鼻子、臉頰、手指等處，這些症狀一般比較容易識別。而生殖器皰疹顧名思義，多發生在生殖器上及附近，男性發病部位為包皮、龜頭、冠狀溝、陰莖等部位，也可出現於前列腺、尿道、肛門、直腸。女性則常出現在外陰、大小陰唇、陰蒂、陰道，也可發生於肛門、尿道等。這兩者在發病部位上的不同可以作為區分的重點。
