1、根據病原菌針對性用藥。本病除大家較瞭解的支原體和衣原體外(主要感染微生物)，還有10%—20%的可由陰道毛滴蟲、白色念珠菌、金黃色葡萄球菌、鏈球菌、酵母菌、厭氧革蘭陰性桿菌等引起。所以非淋的治療要因人而異，因感染的微生物而確定用藥。
2、足夠的療程。支原體和衣原體是細胞內寄生的微生物，對抗生素不如一般的細菌敏感，所以用藥時間應該相對較長，一般為兩週左右。患者最好不要自行盲目購藥服用，這樣可能使病原菌接觸到藥物又沒殺滅而產生耐藥，下次此藥就不管用了。
3、最好單一用藥。藥物之間相互作用是複雜多變的。一般來說，除非知道它們之間有協同互補作用，否則不應該同時用兩種以上的藥物來治療非淋菌尿道炎。因為，這樣做常常有害而無益，如藥物之間有相互拮抗作用會降低療效，增加治療的費用，使病原菌對藥物的耐藥菌株增多，從而使進一步治療難度加大。
4、重視性伴的檢查和治療。因為各種原因有些人患了性病而不願意讓家人知道，所以也忽視了對性伴的診斷和治療，從而造成反覆的感染，這並不代表治療無效。
5、黴菌性尿道炎的治療期間不許飲酒，注意發揮身體的抗病能力。藥物治療的同時需要身體抗病能力的配合才能達到較好的療效。在治療期間同時飲酒和繼續過性生活(儘管用了安全套)會大大降低療效，這一點在一些年輕人中較容易忽視。此外，還有生活節奏不規律、食辛辣火鍋等食物、過度勞累、有慢性病等情況。
