1、未保證足夠的療程：支原體和衣原體是細胞內寄生的微生物，對抗生素不如一般的細菌敏感，所以用藥時間應該相對較長，一般為兩週左右。患者最好不要自行盲目購藥服用，這樣可能使病原菌接觸到藥物又沒殺滅而產生耐藥，下次此藥就不管用了。
2、多種藥物混用：藥物之間相互作用是複雜多變的。一般來說，除非知道它們之間有協同互補作用，否則不應該同時用兩種以上的藥物來治療非淋菌尿道炎。因為，這樣做常常有害而無益，如藥物之間有相互拮抗作用會降低療效，增加治療的費用，使病原菌對藥物的耐藥菌株增多，從而使進一步治療難度加大。
3、沒有根據病原菌針對性用藥：本病除大家較瞭解的支原體和衣原體外(主要感染微生物)，還有10%—20%的可由陰道毛滴蟲、白色念珠菌、金黃色葡萄球菌、鏈球菌、酵母菌、厭氧革蘭陰性桿菌等引起。所以非淋的治療要因人而異，因感染的微生物而確定用藥。避免由於發病初期治療不規範，盲目用藥、破壞內環境，並造成細菌耐藥，療效不佳，時好時壞，導致持續的尿道炎發生。
4、性伴呂隱瞞檢查和治療：因為各種原因有些人患了性病而不願意讓家人知道，所以也忽視了對性伴的診斷和治療，從而造成反覆的感染，這並不代表治療無效。
