原因一、潛伏隱匿感染。部分微生物引起的尿道炎經抗生素治療後，因藥效和療法的缺陷細菌將進入潛伏感染狀態，在飲酒、勞累、精神緊張等因素可能誘使潛伏致病菌繁殖，從而出現症狀尿道炎復發。
原因二、致病菌耐藥。由於發病初期治療不規範，盲目用藥、破壞內部環境，並造成細菌耐藥，療效不佳，時好時壞，導致持續的尿道炎發生。
原因三、隱深部位的感染。由於致病菌隱藏於組織深層，以及潛藏於尿道隱窩，尿道旁腺等部位，使得藥物很難對其全面殺死，給康復留下了後患。同時急性尿道炎有可能伴發前列腺炎，當尿道炎治療後，可因來自前列腺的感染而復發。
原因四、性伴侶為治療。患者的症狀持續存在，或症狀消失後又復發，最可能是性伴侶未治療。未經治癒與性伴侶性交，病菌由未經治療的性伴侶再次傳給患者。有40%的非淋菌性尿道炎患者是沒有任何症狀。所以不但患者本身要治療，其性伴侶也應接受預防性的藥物治療。
原因五、併發症的影響。如若病情反覆，長期性的損害，造成尿路黏膜、腎盂腎盞受損、纖維化、變形，尿路梗阻、畸形影響了正常的尿液引流和治療，都給尿道炎的治療帶來影響，使傳統藥物的治療療效不佳，治療更加困難。
原因六、自身免疫力低下。同時有些患者免疫力低下，如合併有糖尿病、腫瘤、肝病、營養不良或其它慢性疾病，對尿道炎的治療也造成很多困難。
