生殖器皰疹可呈慢性經過，目前尚無可根治的良藥，但是堅持治療是必要的。
(1)急性發作時可出現疼痛性的水皰、潰瘍，部分患者甚至疼痛非常劇烈，尤其伴有HIV感染的患者及其他原因導致免疫力下降的人群，皰疹發病時往往面積很大，疼痛劇烈，因此，急性期的抗病毒治療，能減輕患者痛苦，是非常必要的。
(2)對於頻繁反覆發作的患者，則給予病毒抑制療法治療後，明顯減少病情的復發，減少無症狀排毒，減少性伴的感染。
(3)複發性生殖器皰疹所致的小潰瘍是感染HIV及其他性病的重要危險因素，治療後減少其復發次數及出現潰瘍機會，可以明顯減少感染其他疾病的機會。
(4)複發性生殖器皰疹患者往往精神壓力很大，工作和生活都受到影響，藥物治療可以減少其復發，減輕患者的精神壓力，從一定程度上緩解患者焦慮的心情。
