治療灰指甲的方法很多，可以外塗藥，可以內服藥，還可以外科手術拔除病甲。
手指甲和腳趾甲的生長速度是不同的，完全替換一個新的指甲，手指甲需要100天，而腳趾甲大約要300天，所以治療灰指甲必須要有耐心。
(1)手術拔甲：適於單發的灰指甲，在局部麻醉下，將患甲拔除。這種方法創面大，出血，易引起感染。手術後一般會感覺較疼痛，容易重新感染復發，由於“治標不治本”，臨床極少使用。而且心臟病、高血壓、糖尿病等的患者，不宜手術治療。
(2)內服藥物：適於多個指(趾)甲同時患病者，此法在臨床上早有應用，，且方便。但因為這類藥必須達到真菌所寄生的甲板處才能發揮抗菌作用，用藥量大，用藥時間長，有副作用，且停藥後易復發，故不宜作為灰指甲的常規治療藥物。
(3)外用療法：外用療法較安全，一般無痛苦、無副作用，藏 藥甲康是治療灰指甲的首選療法。根據藥劑不同，主要有浸泡、局部塗藥和封包削治等方法。
1、上藥前，宜用白醋浸泡灰指甲，以起軟化作用;
2、使用指甲銼(非專業人士切忌用刀片，以免出血感染其他疾病)將不規則壞甲磨薄，磨甲週期為2天一次為佳;
3、選用鹽酸特比萘芬軟膏、黃金甲指甲修護膏、酮康唑乳膏等外用藥局部塗抹;
總之，治療灰指甲要堅持不懈。同時還應積極治療身體其他部位的癬病及慢性全身性疾病，提高自身抵抗力，防治並重，這樣才有可能徹底治癒灰指甲。
