治療灰指甲的方法很多，可以外塗藥，可以內服藥，還可以外科手術拔除病甲手指甲和腳趾甲的生長速度是不同的，灰指甲因為指甲受到細菌破壞變厚變樣，這導致生長速度比正常指甲更慢，一天生長大概0.07毫米左右，一個月生長0.07*30=2.1毫米左右。四個月2.1*4=0.84釐米。所以一般情況下灰指甲需四個月左右才能長成一個完整甲。如果指甲破壞嚴重需要的時間會更久些，腳趾甲比手指甲生長慢一倍左右，那時間也增加一倍，這是無法改變的自然生長規則。但每個人情況不同指甲生長也不同，不能一概而論。
外科手術拔甲適於單發的灰指甲，可在局部麻醉下進行，或先用溶甲劑把病甲包紮3天，然後再拔除由於甲的生長是從根部開始的，壞甲消除了新甲就可正常地生長但此法痛苦較大，不易接受
局部塗藥痛苦小，但比較費時費力，優點是比較經濟簡便易行方法是每日用刀先將病甲刮薄，外塗30%冰醋酸，每日1～2次，直至治癒為止，約需3～6個月以上塗藥時應注意保護甲周的皮膚
內服抗真菌藥物適於多個指(趾)甲同時患病者，此法在臨床上早有應用，如灰黃黴素及酮康唑吸取均有一定療效，但因其毒副作用大而不能推廣隨著醫學的發展，新藥不斷出現，不僅療效提高了，而且副作用也大大減少了現在有一種伊曲康唑是新一代抗真菌藥，可用於各類真菌感染，尤其適於治療甲真菌病具體方法是每月一週衝擊治療，即每次2粒，每日兩次，餐後即服，連服1周，停藥3周為一個衝擊療程手指甲需兩個衝擊療程，腳趾甲需3 個衝擊療程此法療效好，副作用小，但花費相對較高，而且部分患者停藥後仍可復發。
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