引起腳臭的罪魁禍首是一種叫白癬菌的真菌，也就是通常說的香港腳菌，它分解皮膚代謝物後產生難聞的惡臭。
由於腳心比其他部位的汗腺多。腳心每平方釐米有620個左右汗腺，而身體其他部位同樣面積僅有143～339個。當人們活動增多、天氣悶熱、精神緊張、吃辛辣熱燙食物的時候，汗液就會大量分泌出來。出汗後鞋內的溼度和酸鹼值給細菌提供了一個適宜的生長環境，加上皮膚壞死的角質層給細菌帶來的足夠的營養，使細菌能夠大量繁殖分解角質蛋白並混合汗液中的尿素、乳酸產生難聞的臭味。
發生腳臭的原因，是由下列各個原因共同作用而形成：
1.潮溼的環境：腳掌是個多汗的環境。腳掌每平方釐米有600多個汗腺，比身體其他部位多出2～4倍。總共約有二十五萬多個汗腺一天可以分泌將近500毫升的汗水。汗液裡除含水分、鹽分外，還含有乳酸及尿素。當水分含量高的時候非常有利於細菌及黴菌的大量滋生繁殖。
2.悶熱密閉的空間：當鞋穿的很緊密，通風透氣性不佳時，除了會造成水份的增高外，皮膚表面的PH值會產生變化，由原本的PH4.4升高到PH7左右，而且會放出二氧化碳氣體，這樣的環境最適合腳底某些細菌的生長。
3.細菌的繁殖：因為一、二項因素的加成作用，造成足部皮膚細菌的成長，這些細菌可以分解皮膚的角質蛋白，及腳汗中的尿素、乳酸成分，形成含有臭味的各種代謝物，例如
(1)Brevi Bacterium，可將角質蛋白中的成分Methionine，分解形成甲基硫醇，這種代謝物的氣味和乳酪發酵的味道很像。
(2)皮脂中的脂肪成分被金黃色葡萄球菌分解，會形成短鏈脂肪酸。
(3)汗水中的尿素被細菌分解成氨。
這幾種味道混在一起，並緊緊的悶在不透氣的襪子中，就會形成難聞的腳臭。
4.黴菌的繁殖：悶熱潮溼的環境會使黴菌生長，形成足癬，俗稱香港腳。香港腳的症狀非常多樣化，並非所有的香港腳都有臭味，最容易產生腳臭的香港腳型式，就是在趾腱間，產生皮膚溼溼爛爛型的香港腳，腳臭最為嚴重。
5.過厚的老舊角質：過厚的老舊角質，在汗水的浸潤下，會變成細菌及黴菌所需的營養來源，促進細菌、黴菌的增生繁殖，惡化腳臭的形成。
