一、不宜與鹼性肥料混施或同時施用。
尿素施後須轉化成氨態氮才會產生肥效，而氨態氮在鹼性條件下，大部分氮素會變成氨氣揮發掉，所以尿素不能與石灰、草木灰、鈣鎂磷肥等鹼性肥料混施或同時施用。一般來說，夏秋季節，尿素與鹼性肥料應錯開3～4天施用，冬春季應錯開7～8天。
二、不宜作拌種肥。
尿素在生產過程中，常產生少量的縮二脲，當縮二脲含量超過2%時就會對種子和幼苗產生毒害，這樣的尿素進入種子和幼苗中，會使蛋白質變性，影響種子發芽和幼苗生長，故不宜作種肥。若必須作為種肥施用，要避免種、肥接觸，並控制用量。
三、不宜施後馬上灌水。
尿素屬酰胺態氮肥，它要轉化成氨態氮才能被作物根系吸收利用，轉化過程因土質、水分和溫度等條件不同，時間有長有短，一般在經過2～10天才能完成，若施後馬上灌排水或旱地在大雨前施用，尿素就會溶解在水中而流失。一般夏秋季節應在施後2～3天才能灌水，冬春季節應在施後7～8天后澆灌水。
四、不宜地表撒施。
尿素撒施在地表，常溫下要經過4～5天的轉化才能被利用，大部分氮素容易在氨化過程中揮發掉，一般實際利用率只有30%左右，如果在鹼性土壤和有機質含量高的土壤中撒施，氮素的損失會更快更多。而且尿素淺施，易被雜草消耗。尿素深施，融肥於土，使肥料處於溼潤的土層中，有利於肥效的發揮。作追肥應穴施於苗旁或溝施在苗側，深度應在10～15cm左右。這樣，尿素集中在根系密集層，便於作物吸收利用。試驗證明，深施比淺施能提高尿素的利用率 10%～30%。
