1、潰瘍、出血：病變增大、增多後，可引起局部的異物和不適感。由於發病的部位多在包皮內、尿道、陰唇、陰道內、肛周等，這些部位容易受微生物感染，導致病變部位的潰瘍、化膿、出血、疼痛和腫脹。
2、傳染給嬰幼兒：患生殖道溼疣的孕婦，在分娩時，通過產道的嬰兒可能被傳染，引發嬰幼兒咬吸道疣。
3、導致不育：生殖器附近的尖銳溼疣易引發其它泌尿系統疾病，很可能會成為導致男性不育症的誘因，這是口腔尖銳溼疣不可不防的一項危害。
4、引起併發症：口腔尖銳溼疣還可以引發播散性皰疹、皰疹性腦膜炎(皰疹性腦膜炎：皰疹性腦膜炎其臨床表現與其它病毒引起的腦膜炎極為相似，常與原發性生殖器HSV感染有關，多在生殖器發生皰疹損害1周後發生)、前列腺炎、直腸炎、盆腔炎、脊髓神經根疾病等一系列併發症的危害。
5、心理負擔：從心理上來說，口腔尖銳溼疣作為性傳播疾病，若不盡快治療，患者很可能因害怕傳染給性伴侶、迴避與性伴侶的性生活、不願與異性交往等心理原因導致性功能障礙，影響家庭和睦，甚至會發生抑鬱症，這也是口腔尖銳溼疣的一項大危害。
6、非生殖器部位的乳頭狀瘤：通過直接接觸或被汙染的物品的間接接觸，可以導致眼結膜的乳頭狀瘤和口腔粘膜的乳頭狀瘤。
7、癌變：惡性腫瘤是口腔尖銳溼疣最嚴重的併發症。HPV16、18型感染後，如果治療不及時，在將來很可能導致陰莖癌，宮頸癌等惡性腫瘤，早期徹底治療是預防口腔尖銳溼疣癌變的最有效方法。
8、其他危害：它容易引起身體其它疾病。倘若沒有接受有效的治療，病情沒有得到及時控制，隨著口腔尖銳溼疣病症的不斷加重，以及身體免疫力不斷下降，習慣性感冒、體乏困怠、老年痴呆、惡性貧血、淋病、皮膚病等各種疾病，它們都會不約而同的找上門來，成為常客，最嚴重時可引起腎衰竭殞命。
