遺傳因素
在過去接受過臨床治療的患者中，只有少數患者可以追溯到家族性因素，這種多基因疾病的復發風險相對較低。
如果父母正常，第一個孩子有唇顎裂，第二個孩子有唇顎裂的概率為5%。如果父母一方有唇顎裂，生出一個唇顎裂孩子的概率是5%。如果父母雙方都有唇顎裂，生第一個孩子的概率是25%。
環境因素
特別是在城市，水和空氣汙染對懷孕的婦女非常危險，還有病毒感染（如流感）、X射線、汽車尾氣、微波等，這些都會引起基因的突變等。
藥物因素
慢性疾病，如貧血、支氣管疾病、嚴重的營養障礙或某些藥物，如母親懷孕期間的鎮靜劑、抗癲癇藥和荷爾蒙藥物。
菸酒因素
數據顯示，孕早期大量吸菸（包括被動吸菸）和酗酒與兒童唇顎裂的發生率有關，高於沒有菸酒嗜好的孕婦，當然，二手菸也同樣有害。
情緒因素
俗話說，病從口入，母親在懷孕期間要保持平和的心態，這對於預防唇顎裂和其他疾病都有或多或少的幫助。
