生殖器皰疹常常會復發，第一次HSV-2型皰疹病毒感染後一年內將近60%患者復發，大多在原發感染後1-4個月內發生。第一年可復發4-6次，以後次數減少。HSV-l感染後只有14%復發，大大低於HSV-2感染的複發率。由於複發性生殖器皰疹反覆發作又難以控制，有時疼痛較嚴重等原因，常使患者產生沉重的心理負擔，出現心理障礙，害怕致癌、害怕傳染給性伴侶、迴避與性伴侶的性生活、不願與異性交往、出現性功能障礙，影響家庭和睦，甚至發生抑鬱症。
生殖器皰疹病毒與生殖器惡性腫瘤關係密切。早在20世紀60年代就有人提出引起生殖器皰疹的HSV-2型皰疹病毒可能是宮頸癌的潛在致癌因子，並且發現生殖器皰疹常常與宮頸癌併發。患過生殖器皰疹的婦女比未患過者得宮頸癌的危險性大5-10倍。最近，在宮頸癌組織、剝脫細胞或癌前期細胞中發現了HSV-2型皰疹病毒特異抗原，從而表明HSV-2型皰疹病毒在宮頸癌的發生過程中起了重要作用。另外，從陰莖癌患者的活檢材料中也觀察到單純皰疹病毒樣顆粒。
近年來人們也注意到孕婦與HSV-2型皰疹病毒感染的嚴重性。最重要的是傳染給新生兒。在妊娠早期，患生殖器皰疹的孕婦可影響胎兒，以致發生流產或死胎。嬰兒先天性感染，出生時可出現帶狀分佈的皰疹，癲癇發作，肝脾腫大。如通過產道感染或羊膜早破而產生逆行感染時，輕者出生後數日乃至數週臨床上可無明顯症狀。早期症狀可僅有吃奶較差、興奮，隨後可發生病毒血症或腦炎。嚴重者發生播散性生殖器皰疹病毒感染，可有高熱、呼吸困難、出血及中樞神經系統病變，預後不良。
