中醫認為生殖器皰疹的治療法則宜清熱除溼，方藥常以龍膽瀉肝湯加減：龍膽草10g、山梔10g、黃芩10g、柴胡10g、車前子(包)10g、生地10g、當歸10g、木通10g 、生甘草10g。
方中龍膽草清瀉肝經溼熱;山梔、黃芩、柴胡配合龍膽草清肝利膽;車前子、木通清熱利溼;生地、當歸涼血活血;生甘草調和諸藥。水皰大、糜爛滲液者，加生苡仁30g，茵陳10g;大便秘結者，加生大黃6g(後下)。現有中成藥龍膽瀉肝丸,每次6～8克,每日3次,溫開水送服。
西醫表示，對於初發感染的生殖器皰疹可採用抗病毒 藥物治療。一般選用阿昔洛韋200mg，5次/d，連服7~10d;或阿昔洛韋400mg，3次/d，連服7~10d;或伐昔洛韋300mg，2次/d，連服7~10d，或泛昔洛韋250mg，3次/d，連服7~10d。
另外，民間還盛傳以下偏方，可以有效治療：1.金櫻子嫩葉 1 把，搗爛，用米泔水浸 1 夜，外搽患處。2.韭菜連根 1 把，洗淨後煎湯，外搽患處。
生殖器皰疹對患者以及患者的家人都有影響，具有很大的傳染性，患病後會通過很多途徑將病毒傳染給家人，所以及時有效的治療是很關鍵的，感染後不及時治療往往會害人害己。
其危害還有影響優生優育，男性患生殖器皰疹，將生殖器皰疹病毒傳染給老婆，老婆懷孕患生殖器皰疹還影響優生優育，可能會引起子宮內感染和新生兒皰疹感染，導致流產、死產、新生兒死亡或發生嚴重後遺症。
