（1）抗酸劑和抗分泌劑：
（1）抗酸劑：在治療消化不良的藥物中，抗酸劑是應用最廣泛的藥物之一。它在西方國家是一種非處方藥，一些病人使用抗酸劑後症狀得到緩解，但也有報道稱抗酸劑和安慰劑在治療功能性消化不良方面的療效相似。
中國常用的抗酸劑（碳酸氫鈉、氫氧化鋁、氧化鎂、三硅酸鎂）有羅耐、複方氫氧化鋁（胃得安）、胃得安（樂得安）、碳酸鋁鎂（胃得安）和複方鋁酸鉍。這些藥物對緩解飢餓感、反酸、燒心和其他症狀比較有效。但藥物的作用時間較短，必須多次服用，而長期使用則容易出現不良反應。
②抗分泌藥物。抗分泌藥物主要是指H2受體拮抗劑和質子泵抑制劑。
關於H2受體拮抗劑治療功能性消化不良的報道很多，從統計學上看，藥物的療效明顯優於安慰劑。主要有西咪替丁，20至30毫克/（公斤-日），分兩次口服；雷尼替丁，5至7毫克/（公斤-日），分兩次口服；法莫替丁，0.6至1毫克/（公斤-日），分兩次口服。
質子泵抑制劑奧美拉唑，0.6至0.8mg/(kg-d)，分1次口服，可抑制壁細胞H+-K+-ATP酶，對酸分泌有較強的抑制作用，持續時間長，適用於H2受體拮抗劑治療失敗的患者。
