腎、輸尿管結石治療目的不僅是解除病痛，保護腎臟功能，而且應儘可能找到並解除病因,防止結石復發。根據每個患者的全身狀況、結石大小、結石成分、有無梗阻、感染、積水、腎實質損害程度以及結石復發趨勢等，制訂防治方案。
1.保守療法
(1)大量飲水 增加飲水量可以降低尿內結石形成成分的濃度，減少沉澱成石的機會，促使小結石的排出，也有利於感染的引流。所以結石患者應養成多飲水習慣，保持每日尿量在2000～3000ml以上。
(2)控制泌尿系感染 結石、梗阻和感染在體內常形成惡性循環，故結石合併感染時，應在控制感染的條件下進行結石的檢查和治療。在感染尿內形成的常是磷酸鎂銨結石。
(3)調節飲食 根據結石的成分決定防石飲食。尿酸結石應採用低嘌呤飲食，胱氨酸結石應採用低蛋氨酸飲食。水果蔬菜能使尿轉為鹼性，對防止尿酸和胱氨酸結石較好。肉類食物使尿呈酸性，對防止感染石較好。對磷酸鹽結石可採用低鈣，低磷飲食,同時服用氫氧化鋁凝膠。含鈣腎結石避免高鈣、高鹽、高草酸、高動物蛋白、高動物脂肪及高糖，而採用高纖維飲食。
(4)在腎絞痛發作時應首先解除痛苦 對劇烈的腎絞痛、腹脹、噁心及嘔吐等的急症處理上,多數在輸液，局部熱敷，注射阿托品、嗎啡或哌替啶後可以緩解。針灸及耳針均有止痛作用。注射消炎痛等對止痛效果較佳。
(5)排石治療 對任何成分大多數直徑小於0.4cm的結石常能自行排出，直徑0.4～0.6cm或個別達1.0cm的結石，表面光滑，無明顯梗阻及感染症狀者，經採用中西醫結合療法，有可能排出。
(6)溶石療法①純尿酸結石 用口服藥物溶解效果較好。如有腎造口可用鹼性藥物溶解尿酸石，效果亦較佳。大量飲水保持每日尿量在3000ml以上，調節尿pH值至6.5～7.0，限制高嘌呤飲食，並服別嘌醇，可能將結石溶解。注意在使用別嘌醇時，應警惕其腎毒性，特別是對於腎功能不良者，應根據肌酐清除率來調整其劑量。②胱氨酸結石 用口服藥物溶解結石及經腎造口，用藥物溶解胱氨酸結石效果均較好。除日、夜定時多飲水，每日達3000～4000ml,低蛋氨酸飲食，鹼化尿至pH值7.0～7.5外，還可採用D-青黴氨或Thiola。
2.手術治療
手術治療的目的是取淨結石，孤立結石療效顯著，較多發及復發腎結石療效為好。
(1)手術治療 指徵是相對的，一般認為直徑大於1.0cm的結石自排的機會較小，特別是常見的草酸結石，因表面不光滑，難以排出。結石引起的梗阻而影響腎功能，或經非手術治療無效者，均應考慮手術治療。近年來由於體外震波碎石及腔內泌尿外科的發展，手術指徵發生了一定的變化。
(2)手術治療的原則①對於雙側腎結石 一般情況下應先取手術簡單安全的一側。原則上如總腎功能尚好時，應先行梗阻嚴重的一側;若總腎功能不良，宜先選擇腎功能較好的一側。如結石難以除去，患者病情嚴重，可經膀胱鏡行輸尿管插管，進入腎盂作引流或先行腎造口術。必要時手術前可配合人工腎或腹膜透析治療。②一側腎結石對側輸尿管結石 應先行梗阻嚴重的輸尿管取石術。③雙側輸尿管結石 應先取梗阻嚴重的一側。對有原發尿路梗阻的腎結石，例如合併腎盂輸尿管連接處狹窄的，在取石的同時需做腎盂成形術以矯正梗阻。對有原發性甲狀腺功能亢進的腎結石患者應先做甲狀旁腺手術，術後有的腎結石可自行溶解。對於因結石引起的急性梗阻性無尿症，手術取石解除梗阻後，應注意多尿期的水電解質及酸鹼代謝紊亂的防治。
(3)手術方式①腎盂或腎竇切開取石 優點是出血少，併發症少，對單個腎結石療效最好。有多數小結石在腎盂內時可採用凝塊法腎盂切開取石術。近年來，利用此技術結合術中彈通碎石術，可取出較複雜的腎鑄形結石。此手術應注意勿損傷腎盂輸尿管連接部，以免術後狹窄。②腎實質切開取石 方法是在腎臟外後側血管較少的“Brodel”線或在腎背側做放射形切口，甚或只在擴張的小盞上做小切口，以取出腎盂及小盞內的腎結石。③腎部分切除多髮結石 集中於腎一極難以取淨時，可採用腎一極的部分切除術。④腎切除術 腎破壞嚴重的鹿角狀或大量結石合併嚴重腎積水或腎積膿，而對側腎正常時，才考慮行患腎切除。近年來因腎結石而行腎切除術的逐漸減少。⑤輸尿管切開取石術 臨手術前應在照泌尿系X線平片以肯定結石的部位無變動。輸尿管上中段結石比下段結石的手術操作更簡易，併發症少。輸尿管的取石切口爭取在結石上方正常的輸尿管部位，將結石推上取出以免術後狹窄。取石後還應用導管探查遠端有無梗阻。孤立結石的預後較多髮結石好。
3.體外衝擊波碎石(ESWL)與腔內泌尿外科技術取石
自從20世紀80年代以來，尿石症的治療取得了長足的進展，開始採用ESWL、經皮腎鏡取石術(PCNL)及經輸尿管鏡取石術。它的適應證是相對的，應根據各醫療單位的技術、設備等具體情況掌握。
